Förbundets organ är förbundsmötet och förbundsstyrelsen. Årsmötet, som utövar den högsta beslutanderätten, hålls årligen i mars–april. Vid mötet behandlas bland annat bokslutet och verksamhetsberättelsen, medlemsavgifterna för det innevarande året fastställs och förbundsstyrelsen med ordförande väljs.
Något stadgeenligt höstmöte hålls inte. Ett extra möte kan däremot hållas när förbundsstyrelsen anser det nödvändigt eller när en femtedel av förbundets medlemmar skriftligen begär det hos styrelsen för behandling av ett angivet ärende.
Styrelsen fungerar som Meriliittos lagstadgade företrädare och ansvarar för förbundets verksamhet, bland annat genom att godkänna nya medlemmar. Styrelsen kan tillsätta de kommittéer den anser behövliga. Under de senaste åren har till exempel historik- och utställningskommittéer varit verksamma. Årsmötet väljer till styrelsen en ordförande, två vice ordförande samt 7–10 övriga ledamöter.
Meriliittos verksamhets- och räkenskapsår är kalenderåret.
Till styrelsen som valdes vid Meriliittos årsmöte 2024 hör:
Mikko Niini, ordförande
Kim Salmi, 1:e vice ordförande
Pentti Kujala, 2:e vice ordförande
Riku Anttila
Nora Gahmberg-Hisinger
Jukka Ketonen
Erkki Kotiranta
Alexandra Lindahl
Niklas Rönnberg
Jarkko Toivola
Tiina Tuurnala
Tiina Vepsäläinen
Tapani Voionmaa
Jouni Vainio, sekreterare
meriliitto@gmail.com