Meriliiton toimielimet ovat liiton kokous ja liiton hallitus. Ylintä päätösvaltaa edustava vuosikokous pidetään vuosittain maalis-huhtikuussa. Siinä käsitellään muiden muassa tilinpäätös toimintakertomuksineen, vahvistetaan kuluvan vuoden jäsenmaksujen suuruus ja valitaan liiton hallitus puheenjohtajineen.
Sääntömääräistä syyskokousta ei ole. Ylimääräinen kokous voidaan sen sijaan pitää, milloin liiton hallitus katsoo sen tarpeelliseksi tai viidennes liiton jäsenistä sitä määrätyn asian käsittelyä varten kirjallisesti hallitukselta pyytää.
Hallitus toimii Meriliiton lakimääräisenä edustajana ja huolehtii liiton toiminnasta muiden muassa hyväksyen uudet jäsenet. Hallitus voi asettaa tarpeelliseksi katsomiaan toimikuntia. Viime vuosina ovat toimineet esimerkiksi historiikki- ja näyttelytoimikunnat. Vuosikokous valitsee hallitukseen puheenjohtajan, kaksi varapuheenjohtajaa ja 7-10 muuta jäsentä.
Meriliiton toiminta- ja tilivuosi on kalenterivuosi.
Meriliiton vuoden 2025 vuosikokouksen valitsemaan hallitukseen kuuluvat:
Mikko Niini, puheenjohtaja
Elisa Mikkolainen, 1. varapuheenjohtaja
Pentti Kujala, 2. varapuheenjohtaja
Nora Gahmberg-Hisinger
Jukka Ketonen
Alexandra Lindahl
Marina Paulaharju
Niklas Rönnberg
Tiina Vepsäläinen
Tapani Voionmaa
Jouni Vainio, sihteeri meriliitto@gmail.com